2230年，人类已逐步征服太空，银河公司统治着新发现的世界。年轻男女们梦想成为奥科普（OrCop）的飞行员，罗恩就是其中之一。在一次例行任务中，他的飞船不幸坠毁，但幸运的是，在脑细胞死亡前，他的意识被转移到了名为EX-23的实验性神经递质驱动宇宙飞船上，并与强大的人工智能卡亚融合。这艘飞船成了他的新身体。 罗恩被派往贝拉特里克斯系统凤凰站的一个偏远哨所执行任务。卡亚接收到雅典娜附近研究站发出的求救信号，显示奥科普设施遭到未知力量攻击。罗恩的任务是前往支援，然而初次行动以失败告终。返回凤凰城站后，通过访问内部网络，卡亚截获了一些令人震惊的消息：司令部对罗恩的任务表现不满，认为他存在风险，还称他的飞船EX-23为阿尔法版本。这让罗恩开始质疑自己的存在和使命。
